дерево субвкладов Y-гаплотипа R1a

Вариабельные позиции выделены цветом; мы будем обозначать их цифрами 1, 2, 3 и 4. В каждой из них чередуются нуклеотиды двух типов, причем все различия являются транзициями. Как мы уже упоминали в предыдущем разделе, трансверсии встречаются значительно реже транзиций, а чередования более чем двух нуклеотидов в одной позиции - исключительная редкость. Разумно предположить, что общий предок трех данных сиквенсов в каждой позиции имел нуклеотид, встречающийся у большинства потомков:

но при этом любой из трех сиквенсов v1, v2 и v3 хотя бы в одной позиции отличается от своего предка. Иными словами, где-то на эволюционном пути от сиквенса v0 к трем его потомков произошли мутации, а именно, линии v1 и v2 мутировали в одной позиции, а v3 - сразу в двух. В каком порядке происходили мутации в линии v3? Ответить на данный вопрос, имея в наличии только указанный элайнмент, невозможно, например сначала могла произойти мутация в 3-ей вариабельной позиции, а затем в 4-ой, либо наоборот, сначала в 4-ой а затем в 3-ей, или наконец, обе мутации могли произойти одновременно при одной трансмиссии, хотя это и маловероятно. Однако, если бы в нашем элайнменте присутствовал такой сиквенс:

то обнаружим, что он лежит "на полпути" между вариантом v3 и общим предком v0, имея только одну мутировавшую позицию - 4-ую. Таким образом, сиквенс v4 - предок сиквенса v3, что не мешает обоим "жить" в одно время, ведь мы сейчас рассматриваем не реальные организмы, а участки их ДНК, которые могут мутировать с разной скоростью, вследствие чего среди живых потомков v4 есть как неизменные, так и мутировавшие до состояния v3. Более того, среди ныне живущих организмов вполне может встретиться и носитель предкового типа v0, хотя со временем количество таких неизмененных вариантов убывает.